O problema era no CMakeList.txt:
target_link_directories(consoleNFe PUBLIC /home/fernando/qt-apps/cppbrasil-main/cppnfeTest/lib/linux_64)
que aponta para libCppNFe.so
Removido essa linha funcionou ok.
só precisa estar incluso também:
include_directories(~/qt-apps/cppbrasil-main/cppnfeTest/include/CppBrasil)
include_directories(~/qt-apps/cppbrasil-main/cppnfeTest/include/CppBrasil/NFe)